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燈盞花轉錄組分析揭示假定的野黃芩苷和綠原酸生物合成基因及其遺傳標記    张广辉 云南农业大学。

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一、研究背景與目的

燈盞花是著名的藥用植物,野黃芩苷和綠原酸是該藥物主要活性成分。然而,燈盞花中野黃芩苷與綠原酸的生物合成與調控機制所知甚少,並且該植物的基因組信息未知。 

研究樣品:雲南省泸西縣燈盞花前山1號,一年生的成熟期的葉和花組織。

1. 得到灯盏花转录组参考序列数据;
2. 发现与野黄芩苷、绿原酸生物合成及转录调节相关的候选基因;
3. 寻找简单重复序列(SSR)标记,为该植物的分子标记辅助育种提供便利。

 

二、文章脈絡

1.測序組裝與注釋

      1.1測序組裝結果統計


    1.2 转录组组装結果分类统计

     1.3 Unigene的KEGG注释結果统计

2.目標基因的尋找與篩選

燈盞花中野黃芩苷和綠原酸的可能的生物合成途徑

     2.1 与野黄芩苷与绿原酸生物合成相关转录本筛选

      野黄芩苷是一种黄酮葡萄糖醛酸衍生物。根据KEGG通路的分配中,大部分编码参与类黄酮生物合成与绿原酸生物合成的酶的基因被发现。

     2.2 灯盏花CYPs的系统发育树

      将所有注释为细胞色素P450(CYP)相关的unigenes放在一起,其中9个被注释到细胞色素71(CYP71)和细胞色素82(CYP82)家族。

      2.3 灯盏花R2R3-MYB转录因子的系统发育树
             R2R3-MYB:重要的黄酮特异性转录因子
            R2R3 - MYB转录因子可独立调节黄酮,黄酮醇,和栎鞣红生物合成。

3.遺傳標記的分析
     3.1 EST-SSR 发现:分布与频率
            用MISA软件检测所有的73092个unigenes发现潜在的SSRs

     3.2 EST-SSR 标记多态性
           多态性SSR标记用来进行13种灯盏花品种的遗传多样性相关分析,最终在遗传相似度上将13个品种分为3个组

結果
   1.得到了灯盏花的转录组参考序列;
   2.发现与野黄芩苷、绿原酸生物合成及转录调节相关的候选基因。
   3.通过鉴定SSRs获得大量基因标记,这为该草药的分子育种与基因应用提供了有利工具。

 

 

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