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(一)研究背景

        卵形鲳鲹是一种非常重要的经济鱼类, 但是,对卵形鲳鲹的生物学研究基于基因信息是非常有限的。在这个研究中, 我们通过对卵形鲳鲹的转录组的二代测序得到了关于这个物种基因的全面解析并对相对功能基因进行预测和分析。通过对卵形鲳鲹的轉錄組測序,得到卵形鲳鲹的转录组参考序列,以及差异表达的基因,找出产量,生长和免疫相关的关键基因和重要通路。

(二)研究樣本

10个样本(年龄:2岁/重量:~1000  g )金鲳鱼的脑,肝,心肺,鳃,脾脏,睾丸和卵巢(混样);
测序策略:4G数据量(Illumina Hiseq 2000) ;

(三)研究思路

(四)研究內容

1、轉錄組組裝結果

2、All-Unigene在4個常用的蛋白數據庫的注釋結果

3、All-Unigene與近緣物種的同源性比對結果

4、 All-Unigene在COG 数据库的分布

5、All-Unigene在GO的分類

 

6、功能相關基因的鑒定-------------包括:與生長和代謝相關的基因的鑒定、與免疫相關基因的鑒定、與生殖相關的基因的鑒定

7、SSR分子標記的發現和驗證

(五)結果與結論

1、建立卵形鲳鲹轉錄組數據庫。
2、探索與卵形鲳鲹生長,産量和免疫相關的基因
3、开发SSR分子标记, 鉴定出16个SSR多态性位点
4、爲後續卵形鲳鲹生理,遺傳學,分子育種等研究打下基礎

 

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