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動植物簡化基因組

简化基因组利用酶切技术或其他实验手段降低基因组的复杂度,进而对基因组各类结构变异进行研究。常见的簡化基因組測序有RAD和GBS。简化基因组通过对基因组特定区域进行测序,具有测序量低、性价比高、不依赖于参考基因组的优点,广泛应用在遺傳圖譜等样本量大的研究中。

應用領域

個體基因組變異檢測
突變體功能突變位點定位
群體遺傳學分析
全基因關聯分析

技術路線

分析內容

有參考基因組

1. 基因组电子酶切评估 (必须基于参考基因组)
1.1 电子酶切评估统计
1.2 基因组染色体Tags统计
1.3 酶切位点的染色体分布
2. 测序数据评估
3. 原始数据过滤
4. 比对数据统计
5. Variant分析
5.1 SNP检测、注释与统计
5.2 InDel检测、注释与统计
6.群體結構分析
6.1群體主成分分析(PCA分析)
6.2群體進化樹分析
6.3群體結構分析(STRUCTURE圖分析)

無參考基因組

1. 测序质量评估
2. 原始数据过滤
3. GBS tag聚类/ RAD tag聚类和拼接
4. Variant分析
4.1 SNP检测、注释与统计
4.2 InDel检测、注释与统计
5.群體結構分析
5.1群體主成分分析(PCA分析)
5.2群體進化樹分析
5.3群體結構分析(STRUCTURE圖分析)

樣品要求

样品浓度:≥25 ng/μl,总量≥2 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0

項目周期

標准流程完成時間爲55個工作日。

參考文獻
Xue H, Wang S, Yao J L, et al. Chromosome level high-density integrated genetic maps improve the Pyrus bretschneideri ‘DangshanSuli’v1. 0 genome[J]. BMC genomics, 2018, 19(1): 833.
Chen L, Gao W, Chen S, et al. High-resolution QTL mapping for grain appearance traits and co-localization of chalkiness-associated differentially expressed candidate genes in rice[J]. Rice, 2016, 9(1): 48.