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微生物Meta測序

16S rDNA序列(在所有物种中高度保守)是最常用的细菌分类标准,通过提取环境样品的DNA,并扩增其中16S rDNA基因;通过检测16S rDNA 序列的变异和丰度,反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S rDNA 有9个高变区,V6,V3,V4 区可以用来鉴定绝大多数细菌,基于Illumina HiSeq 2000平台的16S rDNA测序可以将V6,V3,V4区正反向读通,提供环境样本物种分类,物种丰度,种群结构,系统进化,群落比较等诸多信息,在微生物分类鉴定,微生态研究方等面起到重要作用。

應用領域

環境微生物分類、豐度分析
環境微生物群體基因集構建

技術路線

分析內容

1. 标准信息分析
去除低质量,污染,引物序列,将PE reads拼接成Tag 等。
2. 高级信息分析
   a)  对unique tags 聚OTU,并进行物种注释
   b)  单样品复杂度的Alpha diversity分析
   c)  物种(或OTU)丰度分析
注:可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析服務內容。

樣品要求

樣品類型:PCR擴增産物;
样品需求量:小片段文库,≥ 4 μg(浓度≥30 ng/μl;纯度OD260/280=1.8~2.0);
總樣品量需根據實驗策略,如建庫類型及建庫數量而定;

項目周期

根據不同樣品數和送樣時間不同周期不同,V6,V3,V4 區樣品,45個工作日。
注:分批送樣時間延長,樣本量大時間有延長幾個工作日。
完成标准:对每个样品,产生不低于合同规定的Clean tags数量和Clean data数据量。

參考文獻

  1. Patrick D. Schloss, Dirk Gevers, Sarah L. WestcottReducing the Effects of PCR Amplification and Sequencing Artifacts on 16S rRNA-Based Studies. PLoS ONE 6(12): e27310 (2011)
  2. Ann L Griffen, Clifford J Beall, James H Campbell, Noah D Firestone, Purnima S Kumar, Zamin K Yang, Mircea Podar and Eugene J Leys. Distinct and complex bacterial profiles in human periodontitis and health revealed by 16S pyrosequencing. The ISME Journal (2012) 6, 1176–1185;
  3. Andrew J. Brent, Daisy Mugo, Robert Musyimi, Agnes Mutiso, Susan Morpeth, Michael Levin and J. Anthony G. Scott. Performance of the MGIT TBc Identification Test and Meta-Analysis of MPT64 Assays for Identification of the Mycobacterium tuberculosis Complex in Liquid Culture. J. Clin. Microbiol. December 2011 vol. 49 no. 12 4343-4346
  4. Huma Siddiqui, Alexander J Nederbragt, Karin Lagesen, Stig L Jeansson and Kjetill S Jakobsen. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiology 2011, 11:244