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CHIP測序

染色質免疫共沈澱測序(ChIP-Seq)是指對染色質免疫共沈澱(ChIP)即使用抗體中和特定的蛋白,富集特異性交聯的DNA-蛋白質複合體,然後將寡核苷酸接頭與特異性蛋白結合的DNA延伸拼接,進而對染色質免疫共沈澱獲得的微量DNA片斷進行海量平行測序。

CHIP測序与低分辨率的Chip芯片技术不同,ChIP-Seq经一次测序就准确地进行全基因组的关联分析,实现了全基因组范围内更精确、更敏感、更经济的定位目标蛋白所有的结合位点。可以解决芯片固定数量的阵列特征或候选序列的问题,自由阐释结合事件。

應用領域

判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型
精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点
組蛋白共價修飾與基因表達的關系的研究
轉錄因子結合位點和功能研究

技術路線

分析內容

1. 标准信息分析
对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列;统计结果包括:测定的序列(Reads)长度、 Reads 数量、数据产量
2. 高级信息分析
a)ChIP-Seq 序列與參考序列比對;
b)Peak calling :统计样品 Peak 信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数);
c)统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;
d) 給出每個樣品 Peak 關聯基因列表及 GO 功能注釋;
e)對序列進行Motif分析;
f)在多個樣品間,對Peak進行差異分析;
g)在多個樣品間,對與 Peak 關聯基因做差異分析;

樣品要求

DNA样品需求量:总量≥ 10 ng
注:請提供DNA打斷時的檢測膠圖,要求打斷後的DNA電泳主帶在100-500bp範圍內,建議在250bp左右。

項目周期

若客戶提供的是細胞系樣品,標准流程的完成時間約爲90個工作日;
若客戶提供的是免疫沈澱後的DNA樣品,標准流程完成時間約爲45個工作日;

參考文獻

  1. Johannes Schödel, Spyros Oikonomopoulos, Jiannis Ragoussis, Christopher W., Peter J., RatcliffePugh and David R. Mole. High-resolution genome-wide mapping of HIF-binding sites by ChIP-seq. Blood June 9, 2011 vol. 117 no. 23 e207-e217
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  5. Sylvia C. Hewitt, Leping Li, Sara A. Grimm, Yu Chen, Liwen Liu, Yin Li, Pierre R. Bushel, David Fargo and Kenneth S. Korach. Whole-Genome Estrogen Receptor α Binding in Mouse Uterine Tissue Revealed by ChIP-Seq. Molecular Endocrinology May 1, 2012 vol. 26 no. 5 887-898
  6. Mariann Micsinai, Fabio Parisi, Francesco Strino, Patrik Asp, Brian D. Dynlacht and Yuval Kluger. Picking ChIP-seq peak detectors for analyzing chromatin modification experiments. Nucl. Acids Res. (2012) doi: 10.1093/nar/gks048