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MeDIP測序

MeDIP-seq:利用MeDIP技術富集甲基化的DNA片段,再利用大規模測序技術測序。研究者可以較小的數據量,快速高通量地發現靶基因組上的甲基化區域。應用領域:DNA甲基化研究; 比較不同細胞、組織、疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異;DMRs(甲基化差異區域)的研究。

應用領域

樣本間DNA甲基化修飾差異分析
大樣本量疾病研究

技術路線

分析內容

1. 标准信息分析
对测序结果进行base calling、raw data 数据整理及数据质量评估
2. 高级信息分析
   a)  MeDIP-seq序列与参考序列的对比
   b)  MeDIP-seq序列数据在全基因的分布趋势
   c)  统计MeDIP-seq序列富集区域(peak)的信息
   d)  基于Peak的多样品间差异分析
   e)  可结合客户的需求,协商确定个性化信息分析內容

樣品要求

樣品需求量:總量≥5μg,濃度≥50ng/μL;
樣品完整性:DNA無明顯降解,需提供凝膠電泳檢測膠圖

項目周期

完成时间:单个样品标准流程(上图)的运转周期约为55个工作日。遇样品数较多时,項目周期根据项目规模而定。
完成标准:产生不少于合同的clean data

參考文獻

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