黄瓜视频安卓版立即下载

RIP測序

RIP-seq是以RNA 结合蛋白免疫沉淀(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay, RIP)为基础,采用特异性抗体对RNA结合蛋白进行免疫共沉淀。沉淀后,分离RNA,通过高通量测序,在全转录组范围内对细胞内RNA与蛋白结合情况进行分析。 RIP-seq可在全转录组范围内揭示RNA分子与RBP相互作用,包括非编码RNA与蛋白的互作。


應用領域
特定蛋白特異結合的RNA區域或種類
不同蛋白結合RNA種類差異分析
miRNA靶向調控基因


技術路線

分析內容

1.數據過濾與質量評估:測序質量評估、堿基組成與質量分析、過濾信息統計;
2.比對統計:比對核糖體、比對參考基因組、基因組測序深度分布、reads在染色體上的分布;
3.peak分析与注释: peak calling、peak 富集倍数分布、peak 相关基因分析、peak在基因功能元件上的分布、Peak相关基因的GO/ KEGG功能富集分析、peak以及周边基因结构的可视化;
4. motif分析检测蛋白特异性结合位点;
5.多樣品間的差異分析:樣本關系分析、差異peak分析、差異peak相關基因GO/KEGG功能富集分析。


樣品要求
RIP捕獲的RNA>500ng,濃度>30ng/μL,OD260/280爲1.8-2.0,OD260/230爲1.5-1.8。


項目周期
標准流程完成時間爲50個工作日。


參考文獻
1.Zhao J, Ohsumi T K, Kung J T, et al. Genome-wide identification of Polycomb-associated RNAs by RIP-seq[J]. Molecular Cell, 2010, 40(6):939
2.Jayaseelan S, Doyle F, Tenenbaum S A. Profiling post-transcriptionally networked mRNA subsets using RIP-Chip and RIP-Seq[J]. Methods, 2014, 67(1):13-19
3.Lu Z, Guan X, Schmidt CA, et al. RIP-seq analysis of eukaryotic Sm proteins identifies three major categories of Sm-containing ribonucleoproteins.[J]. Genome Biology, 2014, 15(1):R7
4.Kidder B L, Hu G, Zhao K. ChIP-Seq: technical considerations for obtaining high-quality data[J]. Nature immunology, 2011, 12(10): 918-922
5.Nussbacher J K, Batra R, Lagier-Tourenne C, et al. RNA-binding proteins in neurodegeneration: Seq and you shall receive[J]. Trends in Neurosciences, 2015, 38(4):226
6.Li Y, Zhao D Y, Greenblatt J F, et al. RIPSeeker: a statistical package for identifying protein-associated transcripts from RIP-seq experiments[J]. Nucleic Acids Research, 2013, 41(8):e94